Développé par SkyFish, Nyan Café Macchiato ~Sexy Times at the Cat Café~ suit Yamane Kouya, un gars malchanceux qui a connu des moments difficiles. Chaque entreprise pour laquelle il a travaillé a fait faillite. Il a actuellement un emploi d’instructeur dans une école de filles renommée, mais il ne fait que des tâches subalternes autour de l’école au lieu de tout travail significatif. Maintenant, son appartement a brûlé et il doit aider le café pour chats de son grand-père, Nekotamaya. La vie de Kouya commence enfin à changer quand trois belles filles qui travaillent à temps partiel à Nekotamaya confessent leur amour pour lui. Malheureusement, il se trouve qu’ils avouent en même temps et aucun d’eux n’a l’intention de renoncer à lui. Pour garder le moment le plus heureux de sa vie, ils se lancent tous dans un quatuor. Ainsi commence la relation entre le protagoniste et ses trois copines: Miké Nekomori, Ameri Nekokawa et Persia Nekoyashiki. L’amour fleurira-t-il du sexe quotidien? Le harem de Kouya restera-t-il jusqu’au bout?